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圖片來自Nature, doi:10.1038/nature24621。
地球微生物組計劃（Earth Microbiome Project）的目標(biāo)是盡可能多地對地球微生物群落進行取樣，以便促進人們對微生物及其與包括植物、動物和人類在內(nèi)的環(huán)境之間的關(guān)系的理解。這一任務(wù)需要來自世界各地的科學(xué)家的幫助。到目前為止，這一計劃已覆蓋了從北極到南極的七大洲和43個國家，而且有超過500名研究人員為樣品和數(shù)據(jù)收集作出了貢獻(xiàn)。這一計劃的成員正在使用這種信息作為大約100項研究的一部分，其中一半的研究已在同行評審的期刊上發(fā)表。
論文*作者Luke Thompson博士（之前是Knight實驗室的一名博士后研究員，當(dāng)前是美國國家海洋與大氣管理局的一名研究助理）說，“微生物是無處不在的。然而，在這項大規(guī)模的工作開展之前，微生物群落組成的變化主要通過重點研究某個時刻一個地方的一種樣品類型而被鑒定出來的。這就使得在不同的環(huán)境和地理環(huán)境中找出普遍的原則變得困難。”
地球微生物組計劃的成員通過對16S rRNA基因進行測序，分析了不同環(huán)境、地理位置和化學(xué)反應(yīng)中的細(xì)菌多樣性。16S rRNA基因是細(xì)菌和古生菌的特異性遺傳標(biāo)記，可作為“條形碼”鑒定出不同類型的細(xì)菌，從而允許研究人員在來自*的樣品中追蹤它們。這一計劃的研究人員也利用一種新的方法消除這些數(shù)據(jù)中的測序錯誤，使他們能夠更加準(zhǔn)確地了解這些微生物組中*序列的數(shù)量。
在*次公布的數(shù)據(jù)中，地球微生物組計劃的研究人員鑒定出大約30萬個*的微生物16S rRNA序列，其中將近90%在現(xiàn)有的數(shù)據(jù)庫中找不到匹配的序列。
在現(xiàn)有的數(shù)據(jù)庫中，16S rRNA序列的數(shù)量是有限的，這是因為它們的設(shè)計初衷并不是為了讓人們在未來以一種有用的方式添加數(shù)據(jù)。論文共同作者、Knight實驗室博士后研究員Jon Sanders博士將這些其他的數(shù)據(jù)庫與地球微生物組計劃之間的差別比作為薄與臉書（Facebook）之間的差異。他說，“以前，你必須將你的序列列出來，這種列表含有非常少的關(guān)于這個序列來自何處或者它與哪些序列一起發(fā)現(xiàn)的信息。如今，我們設(shè)計出一種支持所有附加內(nèi)容的框架，而且該框架能夠有機地增加以便支持新的問題和見解。”
Gilbert說，“有大量的微生物多樣性仍未編入目錄。迄今為止，在所有已知的細(xì)菌序列中，我們已經(jīng)‘重新捕捉’了大約一半。利用這些信息，地球微生物的分布模式已正在浮現(xiàn)。”
根據(jù)Gilbert的說法，zui令人驚訝的發(fā)現(xiàn)之一是*的16S rRNA序列比科學(xué)家們通常使用的物種單位更能反映特定的環(huán)境。地球微生物組計劃取樣的環(huán)境多樣化有助于證實局部環(huán)境對微生物組產(chǎn)生多大的影響。比如，鯨目動物（鯨魚和海豚）和魚類的皮膚微生物組彼此之間的類似性要高于它們與它們游動的水域的微生物組之間的類似性；相反，鹽水中的鹽讓鹽水微生物組與淡水微生物組截然不同，但是它們彼此之間的類似性仍然高于它們與水生動物的皮膚微生物組之間的類似性?？偟膩碚f，人類或動物等宿主的微生物組與自由生活的微生物組，如在水和土壤中發(fā)現(xiàn)的那些微生物組存在著相當(dāng)大的差異。比如，在一般情況下，這些自由生活的微生物組要比宿主相關(guān)的微生物組具有更大的多樣性。
Jansson說，“這些生態(tài)學(xué)模式表明進行協(xié)調(diào)取樣（coordinated sampling）和累積取樣（cumulative sampling）是有可能的?？紤]到維度和海拔等因素，以及追蹤隨著時間的推移環(huán)境發(fā)生的變化，還需要更多地取樣。地球微生物組計劃為探索大量問題提供了一種資源，同時也是引導(dǎo)獲取新數(shù)據(jù)來解答這些問題的一個起始點。”（生物谷 Bioon.com）侵刪
備注：地球微生物組計劃收集和分析的數(shù)據(jù)已被用于很多研究中：
（1）鯨魚、海豚、海豹、魚、鳥、蝙蝠、貓、小鼠、大鼠、響尾蛇和科摩多巨蜥的皮膚；
（2）飲用水（doi: 10.1016/j.watres.2012.12.027; doi: 10.1186/s13071-016-1607-1）；
（3）來自北大西洋水面的生物群落（doi:10.5194/bg-10-555-2013）和來自太平洋深海海底的生物群落；
（4）漏油（doi:10.1038/ismej.2013.254）；
（5）靈長類動物的腸道健康（doi:10.1016/j.gecco.2016.06.004）；
（6）食蟻哺乳動物腸道微生物組如何經(jīng)過進化消化螞蟻（doi:10.1111/mec.12501），以及螞蟻腸道微生物組如何經(jīng)過進化消化植物（doi:10.1093/icb/icx088）；
（7）土壤微生物如何影響釀酒葡萄（doi:10.1128/mBio.02527-14）；
（8）肥胖如何影響酒香（doi:10.1371/journal.pone.0085611）；
（9）人體微生物組如何隨著時間的推移發(fā)生變化（doi:10.1186/gb-2011-12-5-r50）和如何改變我們生活的空間（doi:10.1126/science.1254529）。
參考資料：
Luke R. Thompson, Jon G. Sanders, Daniel McDonald et al. A communal catalogue reveals Earth’s multiscale microbial diversity. Nature, Published online 01 November 2017, doi:10.1038/nature24621
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